Чтобы осуществить выгрузку в разные типы инфоблока, следует поместить несколько компонентов catalog.import.1c на разные страницы.
Например 2 страницы:
http://mysite.ru/1c_import_1.php
http://mysite.ru/1c_import_2.php
На обеих страницах настраиваем компонент catalog.import.1c -указываем в параметрах разные типы инфоблоков и взводим флажок
"Импортировать с учетом типа инфоблока".
Затем при настройке импорта в 1с, для выгрузки в нужный тип инфоблока указываем разные файлы:
либо
http://mysite.ru/1c_import_1.php
либо
http://mysite.ru/1c_import_2.php